La Orquesta Filarmónica del Estado de Querétaro es fundada en la Ciudad de Guanajuato como Filarmónica del bajío, y en 1992 Querétaro le abre sus puertas instalándose en la capital del estado.

Bajo la dirección del Maestro Sergio Cárdenas fue el encargado de comenzar el proyecto, quien concluye su ciclo hacia 1997, siendo relevado por el Maestro Jesús Medina.

De 1998 a la fecha, la Orquesta Filarmónica del Estado de Querétaro ha sido dirigida por el Maestro José Guadalupe Flores Almaraz; bajo su titularidad se han hecho importantes modificaciones laborales y financieras, concretadas a través de un Fideicomiso que da certeza a los recursos proporcionados por el gobierno estatal.

En su labor formativa, para los estudiantes de educación básica, media y superior, la orquesta ha generado diversas modalidades de conciertos didácticos.

La orquesta se ha presentado en múltiples escenarios, además de presentaciones a nivel nacional en Televisión Azteca, al lado del MariachI Vargas de Tecatitlán, presentando su repertorio sinfónico y recibiendo un sin número de felicitaciones del público mexicano.